Desde su fundación el aseguramiento de la calidad fue una preocupación central de la RLCU.

Por tal motivo, ya en la II Asamblea de la Red -celebrada en agosto de 1997- se aprobó la creación de la Agencia Internacional de Acreditación.

La Agencia es una unidad de la Red Latinoamericana de Cooperación Universitaria, que acredita instituciones universitarias latinoamericanas, tanto asociadas a la Red como extra Red.

La Agencia tiene por misión el aseguramiento de la calidad de las instituciones de educación superior y su mejora, mediante el autoestudio y la evaluación por pares evaluadores.

Se trata de un proceso voluntario y riguroso que examina la institución como un todo.

Frente al escenario universitario de desarrollo de procesos de acreditación por parte de los gobiernos de la región y a fin de evitar la duplicidad de acciones en la materia, la RLCU aprobó en noviembre de 2003, en la XIV Asamblea de la RLCU, la posibilidad de homologar las acreditaciones otorgadas por otras asociaciones.